Kennarar vinna að því að nemendur nái þeirri hæfni sem sett er fram í aðalnámskrá grunnskóla. Gjarnan er unnið í lotum, við upphaf lotu fá nemendur matslista/sóknarkvarða þar sem fram kemur að hverju er stefnt þ.a. þeir eru meðvitaðir um til hvers er ætlast allt námsferlið. Útfærslan á þessum vinnubrögðum eru mismunandi eftir aldri og þroska nemenda.

Skipulag 1. – 6. bekk
Umsjónarkennarar sinna meirihluta kennslunnar á þessu aldursstigi en faggreinakennt er í íþróttum, sundi, tónmennt og list- og verkgreinum.

Mikil teymisvinna einkennir skólastarfið. Skipulag kennslu og umsjónar í 1. –  6. bekk er þannig háttað að utan um hvern árgang halda tveir-þrír umsjónarkennarar sem bera sameiginlega ábyrgð á starfinu í árganginum. Þeir vinna saman að skipulagi náms og tengslum heimilis og skóla. Þroskaþjálfar, sérkennarar og stuðningsfulltrúar koma einnig að námi nemenda.  Umsjónarkennarar sjá um að útfæra stundatöflur nemenda og geta breytt skipulaginu eftir því sem hentar. Samfélags- náttúru- trúarbragðafræði og lífsleikni eru kennd í þemum og koma list- og verkgreinar gjarnan inn í þemanámið.

Skipulag 7. – 10. bekkur
Sjöundi bekkur tilheyrir námsfyrirkomulagi unglingadeildar. Ekki er reiknað með þátttöku nemenda í félagsstarfi unglinga. Þeim er þó  á boðið á einn viðburð á ári.

Á unglingastiginu er faggreinakennsla sem þýðir að fagkennarar eru ábyrgir fyrir kennslu hverrar námsgreinar. Unglingadeildakennarar skipta með sér umsjón nemenda og hitta umsjónakennarar 7. bekkja nemendur tvisvar í viku en aðrir í einu sinni. Reglulega funda kennarar unglingadeildar, vinna þétt saman, gjarnan í teymum, ræða starfshætti og mál sem varða velferð nemenda.

Áhersla er á hreyfingu og heilbrigða lífshætti í skólanum. Nemendur í unglingadeild sækja íþróttir og sund auk þess sem fjöldi valgreina er í boði þar sem hugað er sérstaklega að þessum þáttum.

Mikið er lagt upp úr fjölbreyttu vali í skólanum og því fá nemendur í 9.-10 bekk tvær valgreinar í senn sem eru í 2x60 mínútur í viku í 6 vikur í senn þ.e. 10 námskeið á skólaárinu.  Nemendur í 7.-8. bekk fá eina valgrein í einu sem eru 3x60 mín í fjórar vikur í senn, alls 8 námskeið.

Nemendum í 9. og 10. bekk býðst að stunda nám í framhaldsskólaáföngum í íslensku, stærðfræði, ensku, dönsku, samfélagsfræði og náttúrufræði. Undanfari að slíku vali er að nemendur hafi lokið matsviðmiðum 10. bekkjar í viðkomandi grein. Framhaldsskólaáfangarnir eru stundaðir í fjarnámi í samstarfi við framhaldsskóla.

Skipulagt nám og íþróttaiðkun utan skóla metið sem valgrein 
Í lögum um grunnskóla frá 2008 segir: ,,Heimilt er að meta skipulagt nám sem stundað er utan grunnskóla, t.d. við tónlistarskóla, sem hluta af grunnskólanámi samkvæmt nánari útfærslu í aðalnámskrá grunnskóla. Stundi nemandi slíkt nám er viðkomandi sveitarstjórn ekki skylt að standa straum af kostnaði sem af því leiðir þótt námið njóti viðurkenningar í stað skyldunáms. Jafnframt er heimilt að meta tímabundna þátttöku í atvinnulífi, félagslífi, íþróttum eða skipulögðu sjálfboðastarfi sem nám, enda falli það að markmiðum skólastarfs”.

Með hliðsjón af framansögðu getur Sæmundarskóli viðurkennt slíkt nám sem hluta af valgreinum.  Nemandi getur sótt um annað formlegt nám að uppfylltum ákveðnum skilyrðum. Ætíð er það samt skólinn sem ákveður endanlega hvaða nám hann viðurkennir sem hluta af valgreinum sínum miðað við lögboðinn kennslustundafjölda á viku. Forsendur fyrir umsókn eru m.a. þær að námið sé formlegt, til sé áætlun um námið, markmið og mat á árangri, tímasókn skráð og að allur kostnaður sé greiddur af foreldrum. Foreldrar bera ábyrgð á þessu námi barna sinna gagnvart Sæmundarskóla og láta vita ef einhver misbrestur verður á.